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　　1、aa2.蛋白质三维结构演示药物设计学实验蛋白质三维结构演示实验原理：分子模拟技术分子模拟（Molecular Simulation）利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。分子模拟不仅可以模拟分子的静态结构，也可以模拟分子体系的动态行为。实验对象：序列联配对应蛋白，PDB code：1G94实验步骤：1.打开分子模拟软件Pymol，输入蛋白质PDB文件2.熟悉大分子显示操作界面3.认识蛋白质整个结构形状，显示蛋白质主要的显示模型，了解蛋白质二级结构4.显示活性部位及小分子结合相互作用5.以活性部位残基为例，显示氢键、两原子间距等参数6.显

　　2、示小分子作用位点静电势表面、溶剂可及表面，了解不同表面表示形式的差异蛋白质三维结构演示蛋白质三维结构演示软件下载与安装Pymol 教育版（Schrodinger公司）按照要求注册后下载使用蛋白质三维结构演示1.打开分子模拟软件Pymol，输入蛋白质PDB文件操作菜单操作菜单大分子显示大分子显示操作界面操作界面蛋白质三维结构演示2.点击Display下拉菜单Sequence，可以显示蛋白质序列蛋白质三维结构演示Action Show Hide LabelColor 右上角大分子操作界面打开后有5个分项蛋白质三维结构演示Show第二个show选项中第一个as选项可以选择显示飘带或者卡通图飘带图卡通

　　3、图蛋白质三维结构演示选择A-preset-publication，可以显示美观的卡通图案蛋白质三维结构演示选择A-preset-ligand sites-cartoon，可以显示小分子作用位点，包括氢键、相互作用氨基酸残基等，小分子以stick方式显示蛋白质三维结构演示选择1g94_pol_cont后面的S选项，选择show labels，可以显示氢键的距离蛋白质三维结构演示选择A-preset-ligand sites-solid（better），可以显示小分子作用位点的蛋白表面图，小分子以stick方式显示蛋白质三维结构演示点击Display-sequences显示蛋白质序列，往右拖动选择小分子配体（5个），右键点击小分子，选择actions-around-residues within 6，可以选择得到小分子周围6以内的残基蛋白质三维结构演示点击sele右边的A选项，选择copy to object，下面会多出一个obj01的对象，该对象为小分子周围6以内的残基，点击A-generate-vacumnelectrostatics-protein contact potential,显示小分子周围的表面静电势蛋白质三维结构演示观察小分子周围的表面静电势思考题 维持螺旋和折叠二级结构的主要作用力是什么？序列联配的目的是什么？谢谢