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　　结构域分析与可视化 基迪奥 生物信息培训小组 1 提纲 • 蛋白结构域与注释方式 • 已知蛋白结构域的注释 • 新序列结构域的挖掘 2 蛋白结构域 • 定义： 结构域是生物大分子中具有特异结构和独立功能的区域， 特别指蛋白质中这样的区域。 例如，锌金属蛋白酶是一类可催化肽链内部肽键水解的 肽链内切酶，尽管所属的各个亚家族成员的整体空间结构差 异显著，但催化活性部位的结构非常类似，故将它们归属于 一类蛋白。 3 一般基因注释存在的问题 一般的基因注释（基于blast ）对多结构域的蛋白功能注 释，实际上存在问题。 新序列 ACT domain BLAST 参考序列： （分支酸变位酶） Chorismate mutase domain ACT domain Chorismate mutase 在 BLAST结果中, top hits 是参考序列中的 chorismate mutases - 那么名称 “chorismate mutase” 就自动赋予了新序列. 然后导致一系列错误 (这个序列被赋予错误的名称，EC号，错误的pathway, etc) 4 最终蛋白结构域分析与展示 • 检查确认我们挑选的目标基因（家族）准确 无误； • 围绕对应的结构域讨论目标基因（家族）的 功能。 5 练习数据 • 11个拟南芥NAC转录因子数据存放在“练 习”目录下。 • 请把注意该在线工具的服务器在国外，由 于线路的原因有时候会比较卡。 6 提纲 • 蛋白结构域与注释方式 • 已知蛋白结构域的注释 • 新序列结构域的挖掘 7 绘制已知的结构域 网址： /search/sequence#tabview=tab1 绘制已知的结构域 • 将邮件收到的结果中的这个部分复制到txt 9 绘制已知的结构域 • 分别输入邮件的结果文件和序列文件，并规定序 列的排布顺序。 10 提纲 • 蛋白结构域与注释方式 • 已知蛋白结构域的注释 • 新序列结构域的挖掘 11 MEME使用介绍 1. MEME 用在什么地方 2. 软件参数的设定 3. 结果的解读 4. MEME结构域图的绘制 5. MEME结果与pfam结果的比较 12 MEME的用途 • 在一批序列中，分析其保守的序列。 例如： 从一组某种转录因子的结果序列中，找保守域，则其 潜在为这个转录因子的结合位点； 从一组蛋白家族中，找保守域，则这些保守域可能是 这个蛋白的功能位点。 13 MEME MEME Suite是集合众多预测和注释motif工 具的在线网站，其中MEME算法是基于最大 期望值（EM ）算法来识别motif。 地址：/ 14 MEME 点击 Motif Discovery ，然后选择MEME 15 MEME 该页面一共有 5个参数。对任何参数有问 题 ，可以点击 ？（帮助文档 ）。 3个关键参数可以考虑：  Input the primary sequences （上传数 据 ）：  Select the site distribution 默认是：Zero or one occurrence per sequence ，某类型的结构域 （motif ）在一 条 序 列 只 出 现 0 次 或 1 次 。 改 为 “any number of repetitions”  Select the number of motifs 决定在这一组多条序列中，将被挖掘出的结 构域（motif ）的种类数量。默认值是3 ，这 意味着在这一组序列中，发现的motif的数 量最多3个。但有时候，我们无法预先了解 这组序列实际上的结构域的数量，那么可以 先填写一份较大的数值。例如10。在完成分 析后，再查看分析结果中结构域的显著性。 例如，如果结果中保守性达到显著水平 P0.05 ）的结构域数量是6。那么，则可 （