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　　2、、结构域分析 使用工具：InterProScan 五、蛋白质三级结构分析 使用工具：SWISS-MODEL/SWISS-PdbViewer 数据： C:ZCNIshixi4protein.txt,课程安排,8,一、蛋白质基本理化性质分析,蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础 蛋白质的基本性质： 相对分子质量 氨基酸组成 等电点（PI） 消光系数 半衰期 不稳定系数 总平均亲水性 实验方法： 相对分子质量的测定、等电点实验、沉降实验 缺点：费时、耗资 基于实验经验值的计算机分析方法,9,蛋白质理化性质分析工具,10,AACompIdent,PeptideMass,11,Protparam,基于蛋白质

　　5、eins (e)-GPI-anchored membrane proteins,18,二、蛋白质跨膜区分析,螺旋跨膜区主要是由20-30个疏水性氨基酸（Leu、Ile、Val、Met、Gly、Ala等）组成 亲水残基往往出现在疏水残基之间，对功能有重要的作用 基于亲/疏水量和蛋白质膜区每个氨基酸的统计学分布偏好性量,19,蛋白质跨膜区特性,跨膜蛋白序列“边界”原则 -Landolt Marticorena et al., 1993,胞外末端Asp（天冬氨酸）、Ser（丝氨酸）和Pro（脯氨酸） 胞外-内分界区域Trp（色氨酸） 跨膜区Leu（亮氨酸）、Ile（异亮氨酸）、Val（缬氨酸）、Me

　　9、析方法程序详解,37,跨膜螺旋预测（PHDhtm）高级选项,Ambivalent序列识别（ASP）高级选项,CHOP结构域分析工具高级选项,38,比对内容,从SWISS-PROT数据库返回BLAST搜索结果,MaxHom参数选项,最低序列比对一致性,空位间隔罚分,空位延伸罚分,比对矩阵,最大击中值,39,选择保存分析结果,是否返回多序列比对结果,HTML结果形式,AGAPE结果,PROF/PHD结果形式,以下拉框中所指定的输入格式将待测序列粘贴此提交栏,40,PredictProtein分析结果,PredictProtein分析结果,PredictProtein分析结果,43,PredictP

　　13、dbViewer观察三维模型,SWISS-PdbViewer工具 http:/swissmodel.expasy.org/spdbv/,具有以下功能:,（1）使用同源建模的方法预测蛋白质结构； （2）计算电荷分布，估算易受影响的表面； （3）计算并显示不合理的原子接触、氢键、角度； （4）人工编辑序列，如氨基酸突变、loop区域重建、旋转指定的化 学键，并通过能量最小化（energy minimization）调整修饰后蛋白质的结构； （5）测量原子之间距离和角度； （6）利用Ramachandran plot观察蛋白质结构的合理性。,72,软件界面,73,Ramachandran图,结构叠加,应用：药物设计中的蛋白质-配体对接,将对接算法应用于虚拟筛选，从小分子库中寻找潜在的配体分子。这样的分子可作为药物的先导物。,常用分子对接软件,常用小分子数据库,78,Thanks！,