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人类p53基因家族包含三个成员p53,p63和p73。该家族起源于至少8亿年前,随后发生基因复制和结构多样化从而产生这三个家族成员。一个有趣的发现是p53家族基因存在于一些单细胞真核生物中,例如领鞭毛类Monosiga brevicollis,这表明p53家族在多细胞生物的进化可能存在重要作用。单细胞线家族基因被认为可以维持基因组稳定性以应对各种刺激。而p53基因出现在最早的脊椎动物中,并在进化上一直保守。鉴于低等生物患癌症的风险极小,p53家族在低等生物中的存在是引人注目的。这就提出了一个关于p53家族在进化中的最原始功能的问题。该家族最初可能参与维持生殖细胞的完整性,其众所周知的肿瘤抑制能力是在很久以后才获得的。
p53蛋白主要是作为一个转录因子(TF)调控基因表达,但它也存在TF非依赖的功能(图 2)。人类的全长p53蛋白 (FLp53) 包含393个氨基酸,这些氨基酸被组织成五个不同的结构域:N端转录激活结构域 (TAD)、富含脯氨酸的结构域 (PRD)、中间的DNA结合结构域 (DBD)、四聚化结构域 (TD) 和C端调节结构域 (CTD) 。p53的TAD分为两个子结构域TAD1和TAD2。在未受刺激的细胞中,p53蛋白同时以单体、二聚体和四聚体的混合状态存在,其中二聚体占主导地位。在不同类型的刺激信号(包括DNA损伤、癌基因激活、核糖体应激、端粒损伤、营养缺乏和缺氧等),p53蛋白通过其TD快速组装成功能性四聚体(一个“二聚体的二聚体“结构”)。通过使用 DBD,该四聚体可识别位于靶基因启动子或增强子处的p53结合位点以调节转录。p53的DBD折叠很好,其结构已被解析。然而,p53的TAD和CTD存在很多无序区,导致其并没有一个确定的结构。但这一特点有利于它们与转录相关的cofactor相互作用。这些无序区也可能通过与别的蛋白发生相分离介导转录活动。这两个结构域也是进行翻译后修饰 (PTM) 的主要区域。此外,PRD也有助于p53的转录调节活性。p53通过由两个十聚体重复组成的特定反应元件 (RE) 被招募到 DNA:RRRCWWGYYY(R,嘌呤;W、A 或 T;和 Y,嘧啶)。p53直接调控300多个靶基因的转录。而考虑到间接调节的基因,p53可以调节数千个基因的表达。目前大多数被报道的p53靶基因是蛋白质编码基因,但p53还调节各种非编码 RNA,比如miRNA,lncRNA,甚至circRNA。
泛素化通常发生在p53的C赖氨酸残基处。MDM2是最著名的p53调节因子,它使p53发生泛素化而受到降解,以维持未受刺激的细胞中的低p53水平或将核p53输出到细胞质。许多刺激和调节因子是通过减轻MDM2的抑制来激活p53。例如,p14ARF 蛋白可以通过抑制MDM2介导的p53降解来稳定p53。支持MDM2介导的p53抑制的重要性的令人信服的证据来自小鼠模型,其中MDM2缺陷引起的胚胎致死可以通过敲除p53来回复。有趣的是,MDM2本身就是p53的靶基因。MDM2-p53构成的反馈环路是p53相关通路的核心。MDMX(或MDM4)是MDM2的家族成员,虽然其本身缺乏E3泛素连接酶活性,但可以与MDM2形成异二聚体,增强p53的降解。其他可降解p53的E3泛素连接酶包括ARF-BP1/HUWE1、COP1、CHIP和Pirh2。
p53乙酰化的发现是最早发现非组蛋白也可以发生乙酰化的例子。DBD中几个赖氨酸残基的乙酰化对于p53激活的能力至关重要,可以以启动子特异性的方式影响细胞周期停滞、细胞凋亡、衰老、铁死亡和mTOR通路。p53乙酰化在肿瘤抑制中的作用可以通过一系列乙酰化缺陷型(KR mutation)基因敲入小鼠模型得到最好的说明。例如,尽管p53-3KR突变体保留了其DNA结合活性,但却不能激活p21等主要靶基因。然而 p53-3KR突变小鼠却不易患肿瘤。而p53-4KR和p53-5KR突变体进一步消除了p53调节铁死亡和mTOR通路的能力,使得p53基本丧失肿瘤抑制功能。值得注意的是,CTD乙酰化的作用很复杂:CTD相同的赖氨酸残基也可以发生甲基化、泛素化、SUMOylation和NEDDylation等修饰。因此,CTD乙酰化缺陷突变体(p53-6KR和 p53-7KR)小鼠未能表现出对肿瘤抑制的显著影响,因为这些突变体同时消除了不同类型PTM对p53功能的正面和负面影响。事实上,模拟乙酰化 (p53-KQ)的突变小鼠在转录和肿瘤抑制中表现出明显的p53激活(即便 p53 蛋白水平并未显著增加),这一发现强调了CTD乙酰化在体内状态的作用。
除了SNP之外,p53基因还会经历其他类型的遗传变异,例如基因缺失,以及更常见的基因突变。p53是癌症中最常见的突变基因之一,超过一半的癌症具有突变的 p53。错义突变是p53的主要突变类型。p53错义突变有6个最主要的突变位点:R175、G245、R248、R249、R273和R282,均位于DBD。它们的突变占p53所有错义突变的近 30%。其他错义突变发生率相对较高的位点包括H179和Y220。所有错义突变都能不同程度地影响p53的热稳定性。一般来说,p53的错义突变可分为“接触突变”和“结构/构象突变”。接触突变维持p53的整体构象但破坏了p53与DNA的结合(例如R248W和R273H);而结构/构象突变则显著改变DBD的构象和稳定性(例如R175H、G245S和R249S),均会破坏p53的转录激活活性。R196、R213、R306和R342是p53无义突变的主要位点。虽然大多数癌症患者的p53突变发生在其体细胞中,但Li-Fraumeni综合征(LFS)患者携带一个生殖细胞来源的p53突变。他们一生中患一种或多种癌症的风险高达90%,其中50%在30岁之前罹患癌症。值得注意的是,正常体细胞也可能含有p53突变和其他致癌突变,这引出了一个问题:这些细胞在某些条件下是否更容易发生癌变。
突变体p53的功能可归因于三种不同的效应:(1)功能缺失(LOF):突变体p53失去WT p53的活性。例如,p53突变体诱导细胞周期停滞和细胞凋亡的能力常常受到损害。(2)显性负效应 (DNE):突变体p53干扰剩余的WT p53的功能。在人类多能干细胞中,突变型p53促进细胞自我更新。然而,正常组织中的这种DNE可能不像癌细胞中那样常见,因为正常细胞中突变型p53的水平通常保持在较低水平,类似于WT p53。(3) 功能获得(GOF):突变体p53获得了缺失WT p53所未观察到的额外活性,通常是通过与特定cofactor的相互作用来实现。突变体p53的GOF很大程度上归因于其在癌细胞中可以积累到很高水平。例如,突变体p53可以与WT p53和其他肿瘤抑制因子(例如p63和p73)发生聚集。p53热点突变体可能获得抑制铁死亡的活性,从而促进肿瘤生长。通过调节促转移基因的表达,p53突变体能够增强不同小鼠模型中癌细胞的转移潜力。尽管大量证据表明p53突变体GOF的重要性,最近的一项研究表明,在不同的实验设置下,LOF比GOF更为关键。然而,将p53突变的功能仅归类为这三种效应之一过于简单化。GOF还是LOF在体内发挥更主导的作用可能取决于具体情况。很明显,p53突变引起的总体效果是上述所有三种效应综合作用的结果。
p53是调节葡萄糖、脂质、氨基酸、核苷酸、铁和氧化还原代谢的重要调节因子(参见一阴一阳之谓道:顾伟实验室总结p53基因在肿瘤代谢中的复杂作用)。此外,它还调节自噬,并与AMPK、AKT和mTOR等关键代谢调节因子存在广泛的交互作用。p53的这一功能将其与多种代谢性疾病(包括癌症)联系起来。一般来说,p53抑制合成代谢过程(例如脂肪从头生成和核苷酸合成),同时促进分解代谢(包括氧化磷酸化、脂肪分解和脂肪酸氧化)。增强的糖酵解会产生多种用于癌细胞生物合成的分子原料(Warburg效应),因此也会受到p53的抑制。p53的这些代谢功能抑制了癌细胞快速增殖的需求,从而导致肿瘤抑制。然而,p53在许多代谢过程中表现出双向作用。这种矛盾的活动本质在于p53功能的复杂性。p53在ROS控制中的作用提供了一个很好的例子。当ROS强度较低时(代表轻度、短暂、可耐受和可缓解的刺激),p53发挥抗氧化作用,减少ROS,保护细胞免受损伤(促生存)。相反,当ROS水平过高并可能造成无法控制的损伤(代表严重、长期、有害且无法缓解的刺激)时,p53会进一步提高ROS水平,导致细胞死亡,从而保护附近未受损的细胞(促死亡)。
铁死亡是一种铁依赖的受调节细胞死亡方式,发生在脂质过氧化水平过高时,与代谢途径密切相关。p53是铁死亡的主要调节因子之一(参见重新界定铁死亡基本类型:顾伟实验室总结p53在铁死亡调节中的复杂作用)。p53的几个代谢靶基因(包括SLC7A11、VKORC1L1、GLS2和PLTP)直接参与调节铁死亡。与DNA损伤反应期间的细胞凋亡类似,铁死亡能够消除代谢应激过程中严重受损的细胞。p53介导的铁死亡被认为是肿瘤抑制中的重要武器。有趣的是,一个非洲人群特异性p53 SNP可能减弱p53诱导铁死亡的能力从而损害了其肿瘤抑制功能。与细胞凋亡不同,经典铁死亡的发生通常需要用铁死亡诱导剂(例如GPX4抑制剂)对细胞进行处理。值得注意的是,最近的一项研究表明,在缺乏常见铁死亡诱导剂的情况下,PHLDA2介导的磷脂酸过氧化会触发非经典铁死亡反应。由于p53能够同时促进经典和非经典铁死亡过程,因此一个有意思的问题是哪种铁死亡途径在p53介导的肿瘤抑制中发挥了更重要的作用。
干细胞与癌细胞有许多相似之处,包括持续增殖能力、代谢重编程和核心的转录因子网络。因此,p53在各种类型的干细胞中限制细胞干性并调节细胞命运。在胚胎干细胞 (ESC) 中,p53抑制维持干性的基因,同时激活促进分化相关的基因。在成体干细胞 (ASC) 中,p53抑制细胞自我更新、促进干细胞耗竭、维持干细胞静止或刺激分化。p53限制细胞干性的能力对其肿瘤抑制功能至关重要,因为这可以阻碍癌症干细胞的形成。p53调节的特异性分化途径有助于肺癌的肿瘤抑制。p53的丢失或突变可能会导致癌症中的去分化、细胞重编程和细胞可塑性增加。产生诱导型多能干细胞 (iPSC)的过程类似于去分化和细胞癌化。p53是这一过程中的主要抑制因子之一,沉默p53可以大幅提高产生iPSC的效率。
p53以细胞自主和非自主的方式在多个阶段抑制转移。在肿瘤细胞中,p53限制其移动性和上皮-间充质转化 (EMT) 过程。循环系统中的转移性癌细胞可能会发生失巢凋亡和铁死亡,这两个过程均可以被p53促进,以防止癌细胞迁移到新位点。在转移扩散的每一步,癌细胞都会采用专门的代谢程序来满足其能量和生物分子的需求,p53则可能抑制这些细胞代谢过程。另一方面,p53塑造了不利于转移的肿瘤微环境(TME)。例如,p53抑制血管生成和淋巴管生成,阻断通过血液和淋巴系统这两条的要转移途径。它还可以维持细胞外基质的完整性,增强肿瘤细胞在其上面的粘附,限制肿瘤细胞的运动。此外,p53还可以激活抑制肿瘤转移的炎症反应。
p53是一个强大的调节因子,具有一系列多样化且复杂的功能,很难仅用几句话来概括其作用。这些功能由这种单一蛋白质精细协调,以实现统一的生物学目的。一些简化的表述通常被用于描述p53的工作模式,例如“基因组的守护者”、“保护者或杀手”、以及“促生存或促死亡”。p53的工作模式源于低等生物中p53同源基因对生殖细胞的保护。人类p53在体细胞中发挥类似的保护作用。在大多数表达p53或p53样基因的物种中,该基因本质上是一个刺激反应因子,而不仅仅是肿瘤抑制因子。因此,p53也可以被称为“细胞卫士”。p53的肿瘤抑制作用可能是一种巧合,因为它的一些卫士功能本质上与许多癌细胞特性是拮抗的。因此,p53的正常活性附带地抑制了肿瘤的发生和发展。
理论上,p53的活性同时具有促衰老和抗衰老作用。一方面,p53介导的应激(尤其是DNA损伤,这是衰老的关键驱动因素)反应利于细胞存活、去除受损细胞、保护组织完整性并维持机体稳态,从而有可能延缓衰老。然而,p53调节的过度且持续的DNA损伤反应会对衰老产生相反的影响。另一方面,p53导致的干细胞耗竭会加速衰老过程,但也有反例。此外,p53调节代谢、免疫活性及其与Sirtuins家族蛋白的相互作用也与衰老有关。p53活性、肿瘤抑制和衰老之间的关系已在不同的小鼠模型中进行了研究,但尚未达成共识,这可能源于p53功能的高度环境依赖性。对p53、癌症和衰老之间关系的深入了解可以通过研究小鼠以外的动物来获得。一个值得注意的例子是大象,它有20个p53基因拷贝,并且表现出低肿瘤发生率和较长的寿命。目前还需要投入更多努力来探索p53在衰老中的作用,希望开发出能够更好地平衡肿瘤抑制与衰老的干预措施,或者可能在降低肿瘤发病率的同时实现长寿。
p53在多种代谢疾病中,包括肥胖、糖尿病、酒精性和非酒精性脂肪肝病(AFLD 和 NAFLD)以及心血管疾病,发挥着复杂的作用。它的多方面活性,特别是在代谢调节方面的功能,影响不同细胞、组织和器官(例如胰腺β细胞、肝脏、肌肉和脂肪组织)中发生的代谢性疾病。关于p53在这些疾病中的功能,经常有看似相互矛盾的结果。例如,骨骼肌祖细胞和agouti-related peptide neuron中的p53可以预防肥胖。而肝脏中的R72 p53变体却可促进脂肪积累和NAFLD。此外,在内皮细胞中,p53会加剧饮食性肥胖。因此,在讨论p53在全身代谢和相关代谢疾病中的功能时,必须将其置于特定的背景下。以p53为靶点治疗某些代谢疾病时必须小心,以避免扰乱其他代谢过程,并最大限度地降低受体细胞癌变的风险。
虽然只需要一个p53等位基因的突变就可能导致细胞癌化,p53基因的失杂合性(LOH)经常发生。p53突变背后的机制尚不完全清楚。有些可能是由环境和化学致癌物引起的,例如紫外线辐射、黄曲霉素和烟草,它们会在p53基因上留下特征突变指纹。p53突变的频率和模式由性别、组织类型和细胞等因素决定。此外,不同肿瘤之间p53突变发生的时间也不同。即使在同一肿瘤类型中,不同的p53突变体也可能不会导致相同的表型。之前介绍过,突变型p53通过LOF、DNE和GOF促进肿瘤发展,这在小鼠模型中得到了很好的证明。虽然人们广泛关注p53热点突变,但其它突变也不应忽视。例如,破坏p53寡聚化的错义突变可导致肿瘤发生。p53 PRD中的错义突变可能会影响其肿瘤抑制功能。肿瘤中针对突变p53的血清抗体、突变p53的免疫组化结果,以及突变p53的DNA片段可用作肿瘤患者的诊断和预后生物标志物。p53突变还可作为某些肿瘤治疗效果的预测因子,并可用于患者分类。
在保留WT p53的癌细胞中,一个直观的想法是消除对p53的抑制。这可以通过降低p53抑制蛋白的蛋白质水平(使用siRNA、PROTAC或分子胶水等)或活性来实现。然而,这些方法通常缺乏靶点特异性,因为许多p53抑制因子具有p53之外的其它靶标。因此,人们付出了大量努力来寻找特异性破坏p53与其抑制因子之间的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)的小分子。MDM2是提高WT p53蛋白水平和活性的主要靶点。Nutlin是第一个干扰MDM2结合并降解p53的小分子。基于它,包括RG7112和更有效的RG7388 (idasanutlin)在内的几种衍生物已被开发出来并在临床试验中进行测试。MDM2拮抗剂idasanutlin在一项名为“复发性或难治性急性髓系白血病的总体生存 (MIRROS)”临床试验中,尽管与阿糖胞苷加安慰剂组相比,阿糖胞苷加idasanutlin组的总体缓解率令人鼓舞,但尚未达到主要终点(总体生存率)。更重要的是,idasanutlin治疗可能会引起血细胞和胃肠道毒性,凸显了p53激活药物的潜在副作用。MDM2-p53相互作用的其他小分子抑制剂包括APG-115和AMG 232 (KRT-232),两者均正在临床试验中。ALRN-6924是一种装订肽,可同时减轻MDM2和MDMX对p53的抑制。p53的其他负调节因子,如USP7、HPV E6、SIRT1/2、VPRBP和SETD8都是很有前景的激活p53的靶标。鉴于PTM对调节p53活性至关重要,靶向这些cofactor具有不错的潜力。同样,如何特异性影响p53的PTM状态(而不影响别的蛋白)是一个很大的挑战。另外,调节WT p53蛋白质折叠、细胞定位、DNA结合和活性动态的cofactor也应考虑用于靶向治疗。与p53表达和活性相关的其他方面,包括选择性剪接和翻译、mRNA稳定性和SNP,也可以作为治疗靶点。
在携带p53错义突变的癌细胞中,目前主要努力方向集中在恢复WT p53的活性。多项证据提示WT和突变体p53的构象可能是可互换的。这种可能性为使用专门设计的小分子(corrector)来恢复突变型p53的肿瘤抑制构象提供了机会。1999年,CP-31398成为第一个被发现能够恢复突变p53转录激活能力并抑制肿瘤生长的化合物。此后,发现了更多突变p53的corrector,例如PRIMA-1。PRIMA-1的降解代谢物亚甲基奎宁环酮 (MQ),与突变体p53中半胱氨酸的硫醇基团共价结合,以恢复其WT构象。然而,它还通过与其他蛋白质反应,以p53非依赖的方式改变细胞的氧化还原状态。其衍生物PRIMA-1MET(APR-246 或 eprenetapopt)和APR-548正在进行多项临床试验。一种缩氨基硫脲药物COTI-2也处于临床试验中。上海交大的卢敏教授课题组发现,三氧化二砷 (ATO),一种治疗急性早幼粒细胞白血病的药物,可以恢复许多p53突变体,其效率取决于突变体的可溶性和温度敏感性。该组还发现抗寄生虫药物酒石酸锑钾(PAT)也可以恢复温度敏感型p53突变体,如 p53-V272M。上述这些corrector可以恢复多个p53突变体,但它们的广谱性质可能会限制它们对特定突变的效率。针对特定突变的靶向corrector将更适合个性化治疗。例如,PhiKan083,PK7088,PC14586,和KG13可以用于纠正p53-Y220C突变体。此外,西奈山医学院的金坚教授课题组发现了一种p53乙酰化靶向嵌合体(AceTAC)-MS78可促进p53-Y220C的K382乙酰化,从而专门恢复其肿瘤抑制活性。对于更常见的p53-R175H突变体,缩氨基硫脲药物ZMC1(NSC319726)可促进突变p53与锌结合使突变体形成WT构象。ReACp53和ADH-6可以缓解突变体p53的聚集。解离的突变体p53部分恢复了肿瘤抑制活性。突变体 p53的某些GOF方面也是可靶向的。例如,NSC59984促进突变型p53降解,从而释放被束缚的p73以抑制肿瘤生长。其他药物,如ganetespib,MCB-613和biomimetic nanoreceptor也促进突变型p53降解。
靶向p53可以涉及肿瘤微环境中的多种细胞类型,以实现肿瘤抑制的效果。例如,p53激活会诱导内源性逆转录病毒的表达,从而增强免疫治疗。如前所述,突变型p53可以产生免疫治疗可靶向的肿瘤新抗原。例如,工程化抗体P1C1TM可以区分WT和 p53突变细胞上的识别p53肽段的MHC,介导细胞毒性或作为抗体药物偶联物 (ADC) 以特异性消除p53突变的肿瘤细胞。双特异性抗体H2-scDb,可将呈递p53-R175H新抗原的癌细胞与T细胞连接起来,有效促进T细胞对癌细胞的破坏。识别突变型p53衍生的新抗原还可以增强过继性细胞疗法(例如CAR-T和TCR-T)和p53疫苗的开发。近年来mRNA疫苗技术的成功鼓励了在p53疫苗方向的进一步探索。靶向免疫细胞和肿瘤基质细胞(例如癌症相关成纤维细胞)中的p53也可以增强抗肿瘤效果。
虽然从来不缺乏靶向p53的思路,但能进入临床试验的药物和疗法只是少数,更不用说成功获批进入临床应用了。在p53靶向药物真正造福癌症患者之前,还需要克服以下几个障碍。第一,需要优化药物的吸收、分布、代谢和排出(ADME)。第二,p53靶向治疗的效率受到多种因素的影响。尽管p53具有强大的肿瘤抑制能力,但其激活并不总是能保证有效地根除肿瘤细胞。患者分类和联合治疗等策略可能会提高疗效。第三,一些药物的特异性较低,可能会导致脱靶效应。第四,药物on-target或off-target所引起的副作用是主要的安全问题。这在正常细胞通过阻断MDM2-p53相互作用来激活WT p53时尤其明显。鉴于诱导细胞周期停滞、细胞凋亡和衰老对于p53的肿瘤抑制并非必不可少(而这几个效应却是p53激活的副作用产生的主要机制),开发在不损害正常细胞的情况下依然保留p53抗肿瘤作用的疗法是一个切实可行的目标。另一个令人担忧的问题是,在携带p53突变的正常细胞中,MDM2抑制剂可能通过稳定这些p53突变体来激活它们的致癌功能。这一问题值得临床实践中认真关注。特异性地向肿瘤细胞递送药物可以降低毒性。值得注意的是,如前所述,p53介导的细胞死亡对肿瘤放疗和化疗过程中出现的副作用有明显贡献。因此,抑制p53活性可能有利于减少这些与治疗相关的副作用。有趣的是,如果控制得当,p53的轻度激活可用于cyclotherapy,从而起到保护正常细胞的作用。第五,p53靶向治疗存在驱动肿瘤进化的风险,以及筛选出p53突变,导致治疗抵抗和肿瘤复发。适当的联合治疗可能有助于减轻这种风险。第六,如前所述,p53在极少情况下会促进肿瘤存活、进展、耐药性和复发。在这些情况下,需要仔细考虑以确定是否应该激活p53来治疗肿瘤。随着人工智能、结构生物学和多组学等领域的进步,这些问题最终将得到解决。
在正常生理过程和非癌症疾病中靶向p53的探索并不像在癌症中那样广泛和深入。然而,鉴于p53的广泛作用,调节其活性可能改善正常生理功能和以及减轻p53相关疾病,从而增强健康。例如,激活子宫中的p53可能会提高胚胎着床的成功率,而抑制p53则可能会预防神经退行性疾病并减少缺血性器官损伤。在代谢性疾病和衰老中,p53的作用仍然存在争议,值得进一步研究。为了抑制p53活性,可以采用多种方法,例如使用p53特异性抑制剂,破坏p53与其激活因子之间的蛋白结合,或增强p53抑制因子的功能。这些方法正好与用于激活p53的方法相反。需要注意的是,抑制p53可能会无意中增加肿瘤发生的风险。进行短期干预和针对某些细胞进行特异性递送p53抑制药物等策略可以降低这种风险。展望未来,p53的临床应用将不仅仅局限于癌症治疗;靶向p53以改善健康的前景充满希望。
第一、基础水平的p53有什么作用。在静息状态的细胞中,p53蛋白的表达和活性都保持在较低水平,直到各种刺激稳定并激活它。然而,p53执行某些功能(例如调节细胞干性、细胞竞争、ROS水平和免疫活动)时并不总是需要明显的刺激。那么基础水平的p53在未应激的细胞中如何发挥作用?p53的基础活性是否有助于肿瘤抑制?基础表达的p53可以与其部分靶基因的启动子或增强子结合,建立一个对刺激进行快速反应的准备状态。重要的是,它还维持一个特定的靶基因表达谱。特别地,基础水平的p53可以维持一些肿瘤抑制基因,如PTEN的表达。基础水平p53和p53激活所调节的靶基因谱可能存在差异。另外,p53的蛋白积累、完全的转录激活能力、以及四聚体的构象对于其肿瘤抑制作用并不是绝对必要的。因此,利用p53的基础活性可能有助于最大限度地减少对正常细胞的副作用,并降低因其激活而选择p53突变的风险。研究基础水平p53的功能需要合适的实验模型。虽然敲除肿瘤细胞系中的p53可能会提供一些见解,但将细胞从体内转移到培养皿的这个过程本身就可能激活p53。因此,培养皿细胞中的p53水平可能无法反映线状态,这在解释体外实验结果时需要注意。更重要的是,培养的细胞缺乏体内存在的多样化环境刺激,因此无法完全模拟实际的成瘤过程。此外,在p53 KO小鼠中观察到的表型不应仅仅归因于基础p53活性的丧失,因为激活的p53的功能也被消除了。
第二、p53的抑制性靶基因对其功能有何贡献?p53的作用不仅限于激活转录。人们还发现它可以抑制许多基因的表达,包括SLC7A11、NANOG和VKORC1L11。在大多数情况下,p53在转录或转录后水平间接抑制基因表达。它与其它转录因子竞争DNA结合,激活基因表达的负调节因子,或抑制转录激活因子的表达。但也有报道表明,通过识别特殊的结合位点,p53可以直接抑制转录,干扰增强子功能,以及重塑染色质结构。尽管p53是否可以直接抑制转录尚存争议,需要进一步研究。但一个无可争议的事实是,数百个基因在p53激活时下调,或在p53缺失时上调。未来的研究将更明确地阐明p53是否以及如何直接抑制转录,以及这些抑制性靶基因在p53网络中发挥什么样的作用。
同样,其他几个重要问题仍然没有答案。p53的新靶基因不断被发现。一个值得注意的例子是ZMAT3基因,它在p53的肿瘤抑制中发挥着关键作用。p53的未被发现靶点和功能有哪些?p53介导肿瘤抑制不可或缺的靶点或功能有哪些?p53的两个TAD 的功能多样性和进化意义是什么?它们如何合作执行p53的肿瘤抑制功能?该领域已取得一些进展,但尚未得到充分解决。p53的non-cell-autonomous活性是癌症治疗的可行靶标吗?在什么情况下p53会支持肿瘤的发展?我们能否利用p63和p73与p53靶向药物协同治疗癌症或其他疾病?这个问题清单可以更长。未来还会涌现出新的问题。正是在寻找这些问题的答案的过程中,我们对p53的认识得到更新和加深。
过去45年的p53研究是一段非凡的历程。如上所述,无数的发现使人们更好地了解在不同生理环境下p53功能的复杂性。p53能调节多种肿瘤抑制活动,这提出了一个问题:哪种机制对于抑制不同类型的肿瘤更为关键。此外,虽然p53被广泛认为是一种肿瘤抑制因子,但并非所有p53诱导的活性都是肿瘤抑制所必需的。例如,p53介导的促细胞生存活性似乎与其在肿瘤中的生长抑制功能不一致。然而,这种活性对于正常细胞稳态可能很重要,允许正常细胞在应激反应期间存活。如何激活p53功能来治疗癌症依然没有很完善的答案。将MDM2靶向方法转化为临床应用的困难引发了一个重要的问题,即如何在不伤害正常组织的情况下杀死癌细胞。目前尚不清楚MDM2抑制剂(特别是在骨髓中)引起的毒性是MDM2途径或是p53激活所特有的。如果是前者,则应认线激活的不同途径。值得注意的是,与细胞凋亡等经典活动相比,许多涉及代谢、铁死亡和免疫的p53靶点不会直接对细胞造成严重伤害。研究这些靶基因的特异性激活是否能有效抑制肿瘤生长而不引起严重毒性将是很值得探索的方向。